มักจะมีสิ่งสกปรกมากมายในน้ำธรรมชาติ โดยสิ่งหลักที่ส่งผลต่อหม้อไอน้ำ ได้แก่ สารแขวนลอย สสารคอลลอยด์ และสารที่ละลาย
1. สารแขวนลอยและสารทั่วไปประกอบด้วยตะกอน ซากสัตว์ และพืช และมวลรวมโมเลกุลต่ำบางส่วนซึ่งเป็นปัจจัยหลักที่ทำให้น้ำขุ่นเมื่อสิ่งเจือปนเหล่านี้เข้าสู่เครื่องแลกเปลี่ยนไอออน จะก่อให้เกิดมลพิษต่อเรซินแลกเปลี่ยนและส่งผลต่อคุณภาพของน้ำหากเข้าไปในหม้อต้มโดยตรง คุณภาพของไอน้ำจะลดลงได้ง่าย สะสมเป็นโคลน อุดตันท่อ และทำให้โลหะร้อนเกินไป ของแข็งแขวนลอยและสารคอลลอยด์สามารถกำจัดออกได้โดยการปรับสภาพ
2. สารที่ละลายส่วนใหญ่หมายถึงเกลือและก๊าซบางชนิดที่ละลายในน้ำน้ำธรรมชาติ น้ำประปาที่ดูบริสุทธิ์มาก ยังมีเกลือละลายต่างๆ ได้แก่ แคลเซียม แมกนีเซียม และเกลือสารแข็งเป็นสาเหตุหลักของการเปรอะเปื้อนของหม้อไอน้ำ เนื่องจากตะกรันเป็นอันตรายต่อหม้อไอน้ำอย่างมาก การขจัดความแข็งและการป้องกันตะกรันจึงเป็นงานหลักของการบำบัดน้ำในหม้อไอน้ำ ซึ่งสามารถทำได้โดยการบำบัดทางเคมีภายนอกหม้อไอน้ำหรือการบำบัดทางเคมีภายในหม้อไอน้ำ
3. ออกซิเจนและคาร์บอนไดออกไซด์ส่วนใหญ่ส่งผลกระทบต่ออุปกรณ์หม้อต้มก๊าซเชื้อเพลิงในก๊าซละลายซึ่งทำให้เกิดการกัดกร่อนของออกซิเจนและการกัดกร่อนของกรดในหม้อไอน้ำไอออนของออกซิเจนและไฮโดรเจนยังคงเป็นตัวเปลี่ยนขั้วที่มีประสิทธิภาพมากกว่า ซึ่งจะช่วยเร่งการกัดกร่อนทางเคมีไฟฟ้าเป็นปัจจัยสำคัญประการหนึ่งที่ทำให้เกิดการกัดกร่อนของหม้อต้มน้ำออกซิเจนที่ละลายน้ำสามารถกำจัดออกได้โดยเครื่องกำจัดอากาศหรือเติมยารีดิวซ์ในกรณีของก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ การรักษาค่า pH และความเป็นด่างของน้ำในหม้อให้คงที่สามารถกำจัดผลกระทบได้